Lucy Heartfilia, una joven maga de 17 años de edad especializada en la magía de espíritus celestiales, huye de su hogar y viaja a la tierra de Fiore para cumplir su sueño de unirse al gremio de magos Fairy Tail. En el camino, conoce a Natsu Dragneel, un joven que busca a su padre adoptivo —un dragón llamado Igneel—,y que viaja acompañado de su mejor amigo, un gato llamado Happy. Poco después, un impostor del «Salamander» de Fairy Tail (apodo de Natsu) se presenta en Fiore y Lucy, al creer que en verdad es un miembro de dicho gremio, decide seguirlo aunque la intención de éste es venderla como esclava. Natsu la rescata y le revela que él es el verdadero Salamander, pues cuenta con las habilidades de un Dragon Slayer (esto es, magia especializada en el dominio de poderes de tipo dragón, la cual se caracteriza por su antigüedad). Tras esto, le ofrece unirse a Fairy Tail y ella acepta. Una vez que llega al gremio, Lucy conoce a Erza Scarlet, una maga especializada en el equipamiento de armaduras y armas, así como a Gray Fullbaster, un mago experto en el control del hielo. A partir de entonces, Natsu, Lucy, Gray, Elsa y Happy forman un equipo para acudir a las distintas misiones que existen en el gremio, las cuales ofrecen a cambio una recompensa cuyo valor depende del grado de dificultad de la misión. Conforme transcurre la serie, se dan a conocer otros gremios que buscan casi siempre superar y destruir a Fairy Tail, por lo que los miembros del gremio deben unir fuerzas y evitar que los oscuros propósitos de aquellos se cumplan.